пару советов по настройке ПО:
1. выпилить Apache/2.2.14 и поставить php-fpm и повесить его на nginx (nginx/0.7.65).
Если сейчас у вас php(PHP/5.3.2-1ubuntu4.2) на том же сервере, что и nginx то лучше цеплять через socket.

2. скрытие версии ПО:
nginx: server_tokens off;
php: expose_php = off
apache: ServerTokens ProductOnly ServerSignature Off

для усложнения нахождения эксплоитов к ПО